Lidzbark Warmiński wywodzi się od pruskiej osady Lecbarg, która w 1240 roku został zdobyty przez Krzyżaków. Wybudowali tu oni drewniany zamek położony w widłach rzek: Łyny i Symsarny, a dekadę później gród ten przypadł biskupowi warmińskiemu Anzelmowi. Kolonizacja dominium Warmińskiego rozpoczęła się w XIV wieku. Lokacje na prawie chełmińskim Lidzbark otrzymał w roku 1308. Wkrótce wybudowano ratusz i pierwszy drewniany kościół. W drugiej połowie XIV stulecia wzniesiono wokół miasta mury obronne z systemem bram i baszt. Trzy bramy wiodły do miasta – Młyńska, Wysoka i Kościelna, a uzupełniała je furtka zwana Zamkową nieopodal kościoła. Punktem zwrotnym w dziejach miasta był rok 1350, kiedy to Jan z Miśni uczynił je główną siedzibą biskupów warmińskich. Rozpoczęto wówczas budowę murowanego zamku i nastąpił ogólny rozwój miasta. W stolicy Warmii kwitło odtąd życie polityczne i kulturalne, odbywały się sądy i działała szkoła.

Po bitwie pod Grunwaldem, przez krótki czas Lidzbark znajdował się we władaniu króla polskiego, w 1411 roku jednak stał się siedzibą wielkiego mistrza krzyżackiego Henryka von Plauena. 1414 rok przyniósł miastu oblężenie i spalenie przez Polaków, w 1440 zaś przystąpiło ono do Związku Pruskiego i uznało władzę króla polskiego.

Na początku XVII wieku na terenie przyzamkowego folwarku powstały ogrody z pawilonem wypoczynkowym, przekształconym później w pałac. W drugiej połowie tego stulecia Warmia przeżywała falę najazdów szwedzkich. Początek XVIII wieku przyniósł Lidzbarkowi okupację szwedzką, zaś po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 roku wraz z innymi warmińskimi miastami został wcielony do Królestwa Prus. Kapituła biskupów straciła wówczas swoją władzę, a zamek stał się siedzibą garnizonu pruskiego. Co ciekawe, w latach 1767-1795 biskupem warmińskim był Ignacy Krasicki, opuścił on Lidzbark dopiero po drugim rozbiorze Polski.

W latach 1816-1818 rozebrano wszystkie bramy lidzbarskie, a w latach 1821-1823 powstał tu pierwszy na Warmii kościół ewangelicki. Po pożarze w 1865 uległa zmianie zabudowa staromiejska Lidzbarka. Zniszczeniu uległ wtedy m.in. ratusz, który odbudowano w 1903 roku w nowym miejscu.

Podczas I wojny światowej w pobliżu Lidzbarka funkcjonował obóz jeniecki, a miasto przez kilka dni znajdowało się pod okupacją rosyjską. Po II wojnie Lidzbark wrócił do granic Polski. Miasto było zrujnowane i spalone, a większość zabytkowej architektury uległa całkowitemu zniszczeniu. Ludność napływowa zaludniła miasto i przystosowała je do swoich potrzeb, Starego i Nowego Miasta jednak nie odbudowano.