Tereny obecnych Jezioran i okolic we wczesnym średniowieczu zamieszkiwane były przez plemiona pruskich Bartów. Ślady ich bytowania w postaci wałów i fos zachowały się na Świętej Górze w pobliżu Krokowa. Dawniej znajdowało się tu Jezioro Krokowskie, które zostało osuszone w XIX wieku. Również same Jeziorany zostały założone przez Krzyżaków na miejscu pruskiej osady. Wybudowali tu zamek, początkowo drewniany, a przed rokiem 1377 już murowany, i przydzielili terytorium biskupom warmińskim. Miasto otrzymało przywilej lokacyjny w 1333 roku, pod nazwą Seeburg. Od XV wieku, gdy po pokoju toruńskim Warmię inkorporowano do Rzeczypospolitej, funkcjonowała już nazwa polska Jeziorany lub Zybork.

Do dziś widoczny jest średniowieczny układ miasta z szachulcowym systemem ulic i prostokątnym rynkiem pośrodku. Do połowy XVII wieku mieścił się tu ratusz, który po pożarze nigdy nie został odbudowany. W 1345 roku wzniesiono zachowany do dziś kościół św. Bartłomieja, który dwa stulecia później stał się siedzibą archiprezbitera. Zamek biskupów warmińskich oddzielony był od miasta fosą, całe miasto otaczały mury obronne i fosy, a prowadziły doń trzy bramy: Mostowa/Lidzbarska, Młyńska i Reszelska. Z czasem rozwój miasta poszedł w kierunku północnym, gdzie wykształciło się przedmieście.

Jeziorański zamek składał się z czterech skrzydeł otaczających kwadratowy dziedziniec, wieży w południowo-wschodnim narożniku i podzamcza. Wzgórze zamkowe otaczał ogród w stylu włoskim z fontanną w centralnym punkcie. Po pożarze w 1783 zamku nie odbudowano, na jego fundamentach zaś wybudowano siedzibę władz miejskich.

Po I rozbiorze polski w 1772 roku, Jeziorany przeszły do państwa pruskiego. W wyniku plebiscytu ogłoszonego na Warmii po I wojnie światowej miasto opowiedziało się za pozostaniem pod władzą niemiecką i taki stan rzeczy utrzymał się do roku 1945. Po II wojnie światowej Jeziorany znów były miastem polskim. Choć jak w przypadku większości miast warmińskich w toku wojny miasteczko nie ucierpiało wiele, po wkroczeniu Armii Radzieckiej w 1945 roku legła w gruzach jego połowa. Wyludnione przez mieszkańców Jeziorany zaludniła ludność napływowa z środkowej i wschodniej Polski.