Tereny gminy Jonkowo przed podbojem krzyżackim w XIII wieku zamieszkiwane były przez pogańskie plemię Prusów. W połowie tego stulecia zdobyte osady przypadły w udziale biskupom warmińskim. Ich kolonizacja zaczęła się w 1343 roku, po założeniu wsi Stękajny, dwa lata później zaś powstało m.in. Jonkowo. Było ono wsią kościelną,wkrótce wzniesiono tu kościół, a pierwszym sołtysem był niejaki Joneko. Wsie założone na Warmii wiele ucierpiały podczas konfliktów polsko-krzyżackich, jednak staraniem kapituły warmińskiej odzyskiwały siły. Duże zmiany przyniósł okolicom wiek XIX. Po wcześniejszym I rozbiorze Polski tereny te przeszły pod zabór pruski. Na początku XIX stulecia przetoczyła się tędy fala wojsk napoleońskich, rosyjskich i pruskich, które spowodowały spore straty. Z biegiem czasu miejscowość otrzymała połączenie kolejowe z Moragiem i Olsztynem, linię telefoniczną i telegraficzną. Przed II wojną światową gminę zamieszkiwało 6000 osób. We wsi Jonkowo działały sklepy i restauracje, kuźnie, tartak, masarnia, młyn, apteka i remiza strażacka. W wyniku działań wojennych okolica nie ucierpiała wiele. Po wojnie tereny te wróciły do Polski.