Pierwsza wzmianka o Ornecie pochodzi z 1308 roku. W jej świetle miejscowość lokowana była na staropruskim polu osadniczym Wurmedyten lub Wormedythin, założonej przez niejakiego Wilhelma. Prawdopodobnie w roku 1313 otrzymała prawa miejskie, które odnowiono w 1359 roku. Miasto nosiło wówczas nazwę Warmedith i położone było po obu brzegach rzeki Drwęcy. Znajdowało się pod zarządem biskupów warmińskich i administracją krzyżacką, później zaś przeszła w ręce Polaków, a po I rozbiorze Polski do granic Prus Wschodnich, gdzie funkcjonowało do roku 1945.

W centrum miasta utworzono rynek, z którego wybiegało 10 ulic. W XIV wieku wybudowano tu ratusz i kościół, a w zachodniej części miasta zabezpieczony miejskimi fortyfikacjami zamek biskupi. Nazwa Orneta pojawiła się w XV wieku i była używana równolegle do niemieckiej nazwy miasta. W XVII wieku miasto zostało wyniszczone przez szereg działań wojennych, w których uczestniczyli Szwedzi i Polacy, a w 1676 strawił je pożar.

Szkolnictwo funkcjonowało w Ornecie już od XIII wieku, w połowie XVI stulecia utworzono tu szkołę dla dziewcząt przy klasztorze sióstr katarzynek. Mieszczanie zajmowali się głównie rzemiosłem, handlem oraz rolnictwem. W drugiej połowie XVIII wieku zaczęła działać poczta, podłączono miasto do sieci telegraficznej, a na początku XX wieku do sieci telefonicznej. XIX i początek XX wieku to okres spokojnego lecz stałego rozwoju miasta. W 1884 zyskało ono połączenie kolejowe z Olsztynem, rok później z Pieniężnem, a następnie z Morągiem i Lidzbarkiem Warmińskim. W roku 1901 dotarło tu oświetlenie elektryczne, a dekadę później wodociągi i kanalizacja.

Orneta nie ucierpiała wiele podczas I wojny światowej. Natomiast bilans zniszczeń dokonanych w II wojnie światowej oszacowano na 35%. Po wysiedleniu dotychczasowych mieszkańców, na terenie Ornety osiedliła się ludność napływowa z centrum Polski i z kresów wschodnich.