W XIX i na początku XX wieku Nadbrzeże było aktywnym kurortem uzdrowiskowym. Mieścił się tu dom zdrojowy z wodami leczniczymi, zbudowany w 1842 roku. Na początku XIII wieku, z inicjatywy komtura Konrada von Lichtenhayn powstał tu młyn, pracujący na potrzeby okolicznych osad: Pagórki, Próchnik, Łęcze, Kamionek Wielki. W 1892 roku odkryto w pobliżu cegielni w Nadbrzeżu kości zwierząt i szczątki naczyń z neolitu, świadczące o istnieniu na tym terenie osady neolitycznej.

W czasie II wojny światowej, na obszarze cegielni funkcjonował podobóz Hopehill hitlerowskiego obozu koncentracyjnego Stutthof. Ku pamięci jego ofiar postawiono pomnik, przy którym co roku organizowane są uroczystości z okazji Ogólnopolskiego Zlotu Pamięci Narodowej. Przez lata teren wokół przystani w Nadbrzeżu użytkowany był wyłącznie przez żołnierzy z jednostki elbląskiej, pod koniec lat 80-tych zaś ponownie stał się dostępny dla cywilnych turystów i żeglarzy. W latach 2007-2008 port został wyremontowany – pogłębiony i oczyszczony.