Wieś wymieniana w dokumentach w 1350 jako osada pruska pod nazwą Maudithen. Nazwa osady wywodzi się od Prusa o imieniu "Maudyc" lub od rośliny (w litewskim 'mauda' to cykuta).

Około 1400 Małdyty były folwarkiem zakonnym. Po wojnie trzynastoletniej, od połowy XV w. do XVII należała na prawie magdeburskim do rodu von Schlieben, rycerzy zaciężnych. W 1648 Fryderyk von Schlieben (starosta tylżycki) sprzedał Małdyty von Houwaldowi za sumę 5 tys. florenów polskich. Dobra te obejmowały Małdyty, wieś Zajezierze, folwark Fiugajki i młyn wodny Czulpa.

W XVIII i pierwszej połowie XIX w. Małdyty były stacją węzłową ruchu dyliżansów. Stąd rozchodziły się trakty do Morąga, Ostródy, Elbląga i Zalewa. Uruchomienie w 1860 Kanału Elbląskiego ułatwiło transport towarów.

W XIX w. do dóbr w Małdytach należały także dwa folwarki: Górka oraz Sople. Około 1900 dobra małdyckie obejmowały obszar 1786 ha, w tym 283 ha lasów. W 1914 posiadłości te znalazły się we władaniu Towarzystwa Rolnego (Landgesellschaft), które rozparcelowało ziemię na gospodarstwa chłopskie. W Małdytach i Zajezierzu – ze względu na duże zabudowania gospodarcze, pozostały tak zwane resztówki. Natomiast folwark Fiugajki został podzielony całkowicie.

W Małdytach nie było szkoły. Dzieci uczęszczały do szkoły w pobliskim Zajezierzu (szkoła istniała od XVIII w.).

W 1782 we wsi było pięć "dymów". W 1818 w siedmiu gospodarstwach domowych mieszkało 53 osoby. W 1858 zanotowano 11 domów i 182 mieszkańców. W 1939 gmina Małdyty (łącznie z Zajezierzem) liczyła 775 mieszkańców.

Nie jest historycznie uzasadnione uznawanie obecnej miejscowości Małdyty za tożsame z niemiecką miejscowością Maldeuten. Małdyty w swym obecnym kształcie zostały powołane do życia na drodze administracyjnej pod koniec 1946 roku. Po II wojnie światowej po przejęciu władzy przez administrację polska, przez pewien czas funkcjonowała nazwa Małdyty tylko dla majątku ziemskiego, natomiast siedziba gminy znajdowała się w miejscowosci Niebytów ( teren obecnych Małdyt ). Na pieczęci urzędu z roku 45/46 czytamy: "Zarząd Gminy Małdyty z siedziba w Niebytowie stacja kolejowa Wolny Bór". Te wszystkie nazwy zostały zastąpione jedną: "Małdyty". Na mapach z 1946 mażna znaleźć jeszcze jedną - Frywałd. Następnie została dołączona miejscowość Czulpa. Była to miejscowość utworzona po 1914 na terenie po parcelacji majątku Maleuten. Jej obecna lokalizacja to budynki przy kanale w stronę toru kolejowego. W przeszłości znajdował się tam także młyn wodny oraz posiadłość G.J.Steenke, budowniczego Kanału Oberlendzkiego, jej niemiecka nazwa to Zölp. Do terenów obecnych Małdyt włączona została także osada mająca niemiecka nazwę Schneidemühle - czyli Tartak - która została założona po roku 1860 na terenie osuszonego częściowo jeziora Sambród. Na dnie tego jeziora w wyniku obniżenia lustra wody o 5,5 m znalazła swą lokalizację także stacja kolejowa Maldeuten. Główna część obecnych Małdyt stanowi przedwojenna miejscowość Freiwalde - obecnie Leśnica, stąd powojenna nazwa stacji - Wolny Bór. Do Małdyt weszła część Leśnicy od dawnej cegielni w stronę toru kolejowego.

Praktycznie obecne Małdyty swój byt zawdzięczają G.J.Steenke. W trakcie prac przy budowie kanału obniżono lustro wody jeziora Sambród, co umożliwiło rozwój osadnictwa na uzyskanym terenie i rozwój komunikacji wodnej, drogowej i kolejowej. Smutne, że w samej miejscowości nie ma śladu upamiętniającego jego dzieło.

Wikipedia