Malbork jak i cały powiat malborski leży na terenie Żuław Malborskich, położonych w widłach Wisły i Nogatu. Krajobraz żuławski zdominowany jest przez płaską równinę deltową z niewielkimi różnicami wysokości i licznymi obszarami depresyjnymi. Jest to krajobraz kulturowy – przekształcony ręką człowieka na przestrzeni wieków, typowo rolniczy, podzielony na poldery poprzecinane gęstą siecią rowów melioracyjnych. Żywioł wodny uregulowany tu został systemem pomp, wałów, kanałów i urządzeń hydrotechnicznych takich jak śluzy, mosty czy akwedukty. W obrazie Żuław przeważają pola uprawne, z rzędami wierzb, olsz i krzewów wyrastających wzdłuż rowów melioracyjnych. Występuje tu również bogactwo flory i fauny, zgromadzonych wokół gęstej sieci żuławskich rzek i kanałów.

W granicach powiatu malborskiego leży kilka rezerwatów przyrody i obszarów chronionego krajobrazu. Należą do nich:

• Rezerwat Przyrody Las Mątawski.

  Leśny rezerwat przyrody na terenie gmin: Miłoradz i Sztum. Otoczony jest terenami polno-łąkowymi. Utworzony został w 2005 roku z połączenia dwóch mniejszych rezerwatów - „Mątawy” i „Las łęgowy nad Nogatem” oraz obszarów leśnych leżących pomiędzy nimi. Rezerwat zajmuje powierzchnię 231 ha. Kompleks leśny jest największym i najlepiej zachowanym reliktem dawnych lasów żuławskich, wyróżniającym się pośród monotonnego rolniczego krajobrazu Żuław. Ochroną objęto tu starodrzewy dębu i jesionu, skupiska grądu pomorskiego i łęgu wiązowo-jesionowego, a także inne rośliny chronione i zagrożone wyginięciem zwierzęta. W rezerwacie funkcjonują strefy ochronne ptaków takich jak: bielik, kania ruda, kania czarna.

• Obszar Chronionego Krajobrazu rzeki Nogat.

  Położony na terenie dwóch województw: pomorskiego i warmińsko-mazurskiego. Obejmuje gminy: Malbork, Nowy Staw, Stare Pole, Sztum, Elbląg i Gronowo Elbląskie. Jego łączna powierzchnia wynosi 11 578 ha. Znajdują się tu miejsca lęgowe ptaków wodno-błotnych, a głównymi elementami krajobrazotwórczymi są wody, pasy szuwarów i innej roślinności wodnej oraz strefa drzew i krzewów nadwodnych.

• Środkowożuławski OchK.

  Leży na terenie gmin: Stegna, Ostaszewo, Lichnowy i Miłoradz. Zajmuje powierzchnię 2870 ha. Występujące tu tereny nadbrzeżna są skupiskami ptactwa wodno-błotnego i wielu gatunków ssaków. Głównymi elementami krajobrazotwórczymi są wody, pasy szuwarów i innej roślinności wodnej oraz strefa drzew i krzewów nadwodnych.