Historia osadnictwa terenów dzisiejszego Malborka wiedzie aż do młodszej epoki kamienia. W XII i XIII wieku zamieszkiwali je pruscy Pomezanowie, później zostały zdobyte przez książąt pomorskich, którzy nad Nogatem utworzyli gród Zantyr. Został on w 1250 roku podarowany Zakonowi Krzyżackiemu, ten zaś wzniósł w dolnym biegu rzeki silnie ufortyfikowany zamek, nadając mu nazwę Marienburg. W 1280 roku przeniesiono tu konwent zakonu z Zantyru. Osada, która powstała przy zamku otrzymała prawa miejskie w 1286 roku. Miasto nabrało charakteru rzemieślniczo-handlowego i rolniczego, a jego rozwój ułatwiało położenie nad Nogatem, stanowiącym dogodną drogę wodną ku Wiśle i grodom takim jak Gdańsk, Grudziądz, Toruń, Chełmno czy Elbląg.

W 1309 roku do gruntownie przebudowanego zamku malborskiego przeniesiono z Wenecji siedzibę wielkich mistrzów zakonnych i stolicę Prus Zakonnych. Do zamku konwentualnego, zwanego Zamkiem Wysokim, dołączono nowe skrzydła, w których utworzono dormitoria, refektarz i świetlicę. W górnych kondygnacjach znajdowały się magazyny i spichlerze, parter zaś i piwnice przeznaczono na kuchnię i pomieszczenia gospodarcze. Wzmocniono ponadto mury obronne. Kolejne, zasadnicze modyfikacje przeprowadzono w latach 1330-1334. Zmieniły one sylwetkę zamku i układ wewnętrznych pomieszczeń. W miejscu dotychczasowej kaplicy powstał dwukondygnacyjny budynek, mieszczący halowy kościół pw. NMP i kaplicę św. Anny. Przebudowano i powiększono dzwonnicę, a całą budowlę udekorowano wieżyczkami, gankami obronnymi, ozdobnymi fryzami i portalami o tematyce religijnej. Na północ od zamku głównego, znajdowało się tzw. Przedzamcze z własnym systemem obronnym w postaci murów, wieżyczek, bram i fosy. Na jego miejscu w połowie XIV wieku stanął Zamek Średni pełniący funkcje gospodarczo-reprezentacyjne. W toku czternastego stulecia dokonano szeregu kolejnych modernizacji. Dawną zbrojownie przekształcono w dom Wielkiego Mistrza z kaplicą św. Katarzyny, który rozbudowano z czasem do rozmiarów pałacu. W jego zachodnim skrzydle znajdował się Wielki Refektarz – największa sala zamkowa, będąca miejscem wystawnych uczt głowy państwa zakonnego. W 1410 roku zamek malborski przeżył pierwsze oblężenie. Po ustąpieniu wojsk polskich przeprowadzono przebudowę umocnień, celem lepszego zabezpieczenia twierdzy. Nie udało się zdobyć zamku również podczas drugiego oblężenia w roku 1454. Trzy lata później został jednak sprzedany królowi polskiemu Kazimierzowi Jegiellończykowi. Aż do 1772 roku był jedną z rezydencji królewskich. W 1618 roku kościół zamkowy przejęli Jezuici. W 1626 roku zamek został zdobyty przez Szwedów i pozostawał w ich rękach do 1636 roku, po czym wrócił w ręce polskie.

Po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 roku nastąpił pruski etap zarządu nad fortyfikacją. Przebudowy dokonane w tym czasie przyczyniły się do znacznych zniszczeń i zatarły dawną świetność zamku, w którym funkcjonowały teraz koszary, stajnie, fabryki i mieszkania dla ich pracowników. Zburzono wiele zabudowań, lecz gdy w końcu należycie oceniono wartość historyczną zabytku, rozpoczęto stopniową rekonstrukcję, która trwała od 1814 do 1939 roku. W czasie walk 1945 roku między Armią Czerwoną, a Niemcami, nastąpiła kolejna fala zniszczeń. Po wojnie mieściła się tu filia warszawskiego Muzeum Wojska Polskiego. Od roku 1951 rozpoczęto odbudowę zamku, dziesięć lat później zaś powołano do istnienia Muzeum Zamkowe. Obiekt jest jednym z najpiękniejszych polskich zabytków i został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO.

Po odejściu Krzyżaków, w latach 1466 – 1772 Malbork był stolicą polskiego województwa malborskiego. Do 1945 pozostawał pod zwierzchnictwem pruskim i III Rzeszy. Z walk 1945 roku wyszedł mocno zniszczony. Po wojnie wyburzono pozostałości malborskiej Starówki, odzyskane cegły przeznaczając na odbudowę warszawy. W rezultacie jedynymi ocalałymi zabytkami są: gotycki kościół farny, ratusz, dwie bramy miejskie i fragmenty murów obronnych.