Na terenie Braniewa i okolic można zaobserwować niezwykłe bogactwo przyrody. Miasto i gmina położone są na granicy kilku krain geograficznym – Równiny Warmińskiej, Wybrzeża Staropruskiego i Wysoczyzny Elbląskiej – czego efektem jest różnorodność form krajobrazowych. Walory przyrodnicze regionu podnosi również bliskie sąsiedztwo Zalewu Wiślanego, do którego Braniewo ma dostęp poprzez wody rzeki Pasłęki. Stwarza to również warunki do ciekawego, aktywnego wypoczynku i zachęca do poznawania flory i fauny okolic. Krajobraz ten ujęty jest w kilka jednostek ochrony przyrody. Gmina Braniewo leży w Obszarze Chronionego Krajobrazu Rzeki Pasłęki, w granicach którego leży rezerwat faunistyczny „Ostoja bobrów na rzece Pasłęce”. Na południe od Braniewa rozciąga się zaś Obszar Chronionego Krajobrazu Rzeki Baudy, na północny zachód - Obszar Chronionego Krajobrazu Wybrzeża Staropruskiego, na którym leży Rezerwat przyrody „Cielętnik”, natomiast na północny-wschód od Braniewa znajduje się Obszar Chronionego Krajobrazu Rzeki Banówki. Na krajobraz regionu składają się zarówno tereny rolnicze jak i lasy, głównie liściaste oraz rzeki typu nizinnego i górskiego. Jedną z największych rzek województwa jest Pasłęka o długości 169 km. Posiada ona zbiornik retencyjny – zbudowane na początku XX wieku Jezioro Pierzchalskie, odznaczające się walorami krajobrazowymi i turystyczno-rekreacyjnymi. W wodach braniewskich obserwuje się występowanie wielu gatunków ryba także ssaków takich jak bobry.

• Obszar Chronionego Krajobrazu Rzeki Pasłęki. Obszar rolniczo leśny o powierzchni 15579 ha obejmujący część przyrzecza Pasłęki od granicy województwa do Braniewa. Wydzielony został dla ochrony elementów takich jak: meandry koryta Pasłęki, jej dno i starorzecza, łąki pastwiska, zbocza doliny rzecznej, zalesienia, zbiornik Jeziora Pierzchalskiego, zabudowa Braniewa. Tereny te stwarzają dobre warunki dla bytowania ptactwa wodno-błotnego i żerujących nad wodą drapieżników.

• Obszar Chronionego Krajobrazu Rzeki Baudy. Obszar rolniczo-leśny o powierzchni 5488 ha, położony w dolinie rzeki na terenie zastoiska wód polodowcowych. Obejmuje on: erozyjne wcięcia rzeki Baudy, jej dolinę, zabytkową zabudowę Fromborka i okolice ujścia Baudy do Zalewu Wiślanego.

• Obszar Chronionego Krajobrazu Wybrzeża Staropruskiego. Obszar o powierzchni 4664 ha obejmujący równinę wzdłuż południowo-wschodniego brzegu Zalewu Wiślanego. Składają się na niego tereny rolnicze, tereny zakrzewione i wody. Należą do nich: pas flory brzegowej – w tym krzewy olszy i wierzby, rejon stożka napływowego Pasłęki, łąki i pastwiska. Na obszarze tym spotyka się lęgowiska ptactwa wodno-błotnego. Mieści się tu również rezerwat florystyczny „Cielętnik”.

• Rezerwat przyrody „Ostoja bobrów na rzece Pasłęce”. Rezerwat faunistyczny o powierzchni ponad 4000 ha, leżący m.in. na terenie gmin: Stawiguda, Olsztynek, Gietrzwałd, Jonkowo, Świątki, Łukta, Lubomino, Miłakowo, Orneta, Godkowo, Płoskinia, Wilczęta, Braniewo. Utworzony został głównie celem ochrony bobrów i ich siedlisk. Obejmuje koryto rzeki Pasłęki, jezioro Isąg i przyległe tereny leśno-gruntowe.

• Rezerwat przyrody „Cielętnik”. Rezerwat torfowiskowy o powierzchni 3,38 ha w gminie Braniewo. Utworzony ze względu na występujące tu rośliny chronione takie jak: brzoza niska, wierzba śniada, rutewka żółta, rutewka wąskolistna, storczyk plamisty, nerecznica grzebieniasta, storczyk szerokolistny, szalej jadowity, przetacznik długolistny oraz fiołek torfowy.

• Rezerwat Przyrody „Osiek II”. Rezerwat torfowiskowy o powierzchni 43,6 ha w gminie Wilczęta na Równinie Warmińskiej, utworzony celem ochrony stanowisk ginącej maliny moroszki.