Gmina Biskupiec leży pomiędzy pojezierzem olsztyńskim i mrągowskim, w obrębie pojezierza mazurskiego, a zatem na terenach o znaczących walorach turystyczno-krajobrazowych. Cechują je: urozmaicona rzeźba terenu, bogactwo form morfologicznych, roślinnych i zwierzęcych oraz wysoki wskaźnik występowania wód powierzchniowych. Stan ten wynika nie tylko z uwarunkowań geograficznych, lecz również z niewielkiego przekształcenia środowiska przez człowieka.

Dominującym elementem krajobrazu są tu jeziora, w tym największe jezioro Dadaj. Na terenie gminy znajduje się 14 większych i kilkanaście mniejszych zbiorników wodnych, co stwarza duży potencjał do uprawiania sportów wodnych i rekreacji.
Na obraz biskupieckiej przyrody składają się również kompleksy leśne, które zajmują ok. 26% powierzchni gminy. Obszary te zostały objęte ochroną prawną w ramach rezerwatów przyrody, użytków ekologicznych i obszarów chronionego krajobrazu, z uwagi na występowanie rzadkich i cennych gatunków roślin i zwierząt. Głównym typem siedliskowym lasów jest bór mieszany świeży i bór świeży. Dominującymi gatunkami drzew są zaś: sosna, świerk, brzoza, dąb, olsza, modrzew, grab i jesion.

Spośród roślin rzadkich i chronionych występujących na obszarze gminy Biskupiec wymienić można m.in. pióropusznik strusi, wawrzynek wilczełyko, zawilec wielokwiatowy, niektóre gatunki storczyków, rokitnik zwyczajny, bażyna czarna i brzoza niska. Tereny te charakteryzują się również miejsce zbioru głogu i dziurawca na potrzeby zielarskie. Fauna reprezentowana jest przez gatunki środkowo, północno i wschodnioeuropejskie, w tym rzadkie okazy owadów, płazy takie jak: traszka zwyczajna, kumak nizinny, rzekotka i kilka gatunków żab oraz gady: jaszczurka zwinka, padalec, zaskroniec i żmija zygzakowata. Największą grupę stanowi zaś awifauna, wśród której spotkamy: myszołowy, krogulce, kormorany, pustułki, żurawie, dzięcioły i orły.

• Rezerwat Przyrody „Zabrodzie”

  Rezerwat florystyczny o powierzchni 27,3 ha, utworzony celem zachowania stanowisk brzozy niskiej oraz części boru bagiennego w stanie naturalnym. Istniało tu niegdyś jezioro Pudłąg, które osuszono w XIX wieku. Występują tu leśne typy siedliskowe, takie jak: las mieszany bagienny, bór bagienny, bór mieszany bagienny i bór mieszany wilgotny. Istnieje tu ponad 70 gatunków roślin, w tym rzadka bażyna czarna, rosiczka okrągłolistna i brzoza niska, a także siedliska ptaków chronionych i gadów, np. żmii zygzakowatej.

• Rezerwat Przyrody „Dębowo”

  Leśny rezerwat przyrody o powierzchni 24,7 ha, utworzony dla zachowania lasu bukowego z fragmentami 200-letniego drzewostanu, któremu towarzyszą sztucznie nasadzone w XIX wieku. Jest to jeden z najstarszych rezerwatów w regionie. W rezerwacie nie występują praktycznie siedliska fauny, ze względu na jego położenie w pobliżu szosy i terenów często odwiedzanych przez człowieka.

• „Rozlewisko Łąki Dymerskie”

  Użytek ekologiczny w postaci podmokłych, porośniętych trzciną łąk, zajętych przez bagna. Jest to relikt osuszonego jeziora Dymer o powierzchni 250 ha w obrębie Popowej Woli.

• "Zlotowisko żurawi"

  Użytek ekologiczny o pow. 70 ha, założony na użytkach rolnych na granicy „Rozlewiska Łąki Dymerskie”. Każdej jesieni zlatuje tu nawet do 2500 żurawi.

• "Parleskie Wzgórza"

  Użytek ekologiczny o pow. 244,5 ha, założony na obszarze wzgórz morenowych. Cenny ze względu na walory krajobrazowo-turystyczne teren, mieści malownicze łąki, pastwiska, nieużytki i lasy. Jest ostoją rzadkich okazów flory i fauny – szczególnie ptaków i owadów. Obszar ten jest również miejsce zlotów żurawi.

• „Jezioro Sorkwickie”

  Zespół przyrodniczo-krajobrazowy o powierzchni 4 460 ha, na terenie którego znajdują się urokliwe jeziora rynnowe: Pierwój, Jez. Lampackie, Lampasz, Piłakno i Dłużec. Można tu spotkać m.in. kolonie lęgowe kormorana czarnego. Położony jest na obszarze gmin: Sorkwity, Mrągowo i Piecki.
  
  

• „Kobułckie Wzgórza”

  Zespół przyrodniczo-krajobrazowy o powierzchni 2 005 ha, który służy ochronie zespołu wysokich wzgórz morenowych o charakterze leśnym. Charakteryzuje go zróżnicowana flora i fauna, wśród której spotyka się stanowiska rokitnika, kobuza, pustułki i dzięcioła zielonego.

• „Rzeka Babant i jezioro Białe”

  Zespół przyrodniczo-krajobrazowy o powierzchni 11 615 ha, położony na terenie gmin: Sorkwity, Dźwierzuty i Piecki. Leży tu ciekawe jezioro Babięty Wielkie, w którym bytuje rzadki gatunek skorupiaka Pallasea guadrispinosa. Na terenie zespołu spotkać można skupiska żurawi, gęsi zbożowej i perkoza rdzawoszyjego.